Id-Direttorat għall-Implimentazzjoni tal-Programm huwa responsabbli mill-koordinazzjoni, il-monitoraġġ u l-appoġġ ta’ inizjattivi ffinanzjati mill-UE fil-Ministeru kollu. Id-Direttorat iħejji rapporti komprensivi, jissorvelja l-progress tal-proġetti, u jassigura l-konformità sħiħa mar-rekwiżiti tal-finanzjament. Apparti hekk, id-Direttorat jipprovdi wkoll gwida lill-entitajiet dwar opportunitajiet ta’ finanzjament mill-UE u jsegwi l-implimentazzjoni ta’ miżuri nazzjonali u baġitarji, filwaqt li jassigura li dawn jitwettqu fil-ħin u b’mod effettiv.
